An einem scheinbar ruhigen Arbeitstag wird allen im CSI-Team ein Brief zugestellt, in dem sich Teile eines Puzzles befinden. Das fertige Puzzle offenbart den Ermittlern, dass es sich um eine Morddrohung handelt, die sie jedoch zu spät entschlüsseln können: Die Hausfrau und Mutter Janice Potter wurde bereits mit einem ferngesteuerten Präzisionsgewehr in ihrem Haus erschossen. Es stellt sich heraus, dass sie regelmäßig an Experimenten an der Dade Uni teilgenommen hat. Dafür hat sie von der Doktorandin Melissa Walls eine kleine Aufwandsentschädigung erhalten. Auch der nächste Mord an einem Wissenschaftler aus dem Fachbereich Psychologie der Uni wird dem CSI anhand eines Rätsels angekündigt. Doch wieder kommen die Kollegen zu spät: Neal Brusatti ist ertrunken. Am Schwimmbecken, in dem Brusatti starb, finden die Ermittler einen Hinweis auf die nächste Tat: eine brennende Lilie. Stephen Madsen, ein weiterer Professor des Fachbereichs, steht plötzlich in Flammen, als er ein manipuliertes Eau de Toilette benutzt, auf dem sich eine brennende Lilie befindet. Stellt sich die Frage, wer treibt ein böses Spiel mit dem CSI? Hauptverdächtige ist Melissa Walls, zumal sich bald herausstellt, dass diese das Zahlenmaterial für ihre Doktorarbeit gefälscht hat. Erst als die Ermittler herausfinden, dass Bob Starling - Melissas Doktorvater - eine Ablehnung auf seine Bewerbung als ordentlicher Professor bekommen hat, sieht das CSI ein Motiv. Doch bevor Horatio Caine Bob Starling verhaften kann, greift ein rätselhaftes Virus im CSI-Labor um sich, das alle Mitarbeiter bewusstlos zusammenbrechen lässt.